アップロードされたファイルがテンポラリから削除されるタイミング

アップロードされたファイルは、テンポラリファイルとして$_FILE[ パラメータ名 ][ tmp_name ]に、一時的に格納されますが、PHPスクリプト終了と同時に削除されます。その為、テンポラリファイルを@move_uploaded_file()関数を使用して正式な格納場所にコピーする必要があります。
出典：http://www.php-ref.com/web/03_move_uploaded_file.html